De maritieme sector in Indonesië moet nog grotendeels worden ontwikkeld. Ondanks dat de havensector een zeer gereguleerde sector is, heeft de sector een enorm potentieel. Het land telt meer dan 1.735 havens, waarvan 141 internationale havens. De overheid heeft van de internationale havens er 25 als strategisch bestempeld en deze zijn de belangrijkste toegangshavens voor passagiers- en vrachtverkeer. Het merendeel van de strategische havens wordt beheerd door de staatsbedrijven Pelindo I, II, III en IV en de Batam Industrial DevelopmentAuthority.
De havensector is voor Indonesië, als grootste eilandenstaat ter wereld, van vitaal belang voor de binnenlandse en internationale handel, evenals voor het vervoer van passagiers. Het land bestaat uit meer dan 17.500 eilanden, waarvan een deel onbewoond is. Ongeveer 6.000 grote en kleine havens zijn nodig om de eilanden binnen de archipel met elkaar te verbinden. Hoewel het containertransport de afgelopen jaren aanzienlijk is toegenomen, stagneert de capaciteit van de havens nog steeds. De twee grootste havens TanjungPriok en TanjungPerak kunnen niet meer dan respectievelijk 4 en 1,8 miljoen TEU per jaar afhandelen. Het transport wordt ook beperkt door de diepte van de havens, die onvoldoende is voor de grootste zeeschepen. Ook het gebrek aan ruimte is een probleem, resulterend in een hoge bezettingsgraad (Yard Occupancy Ratio). Om deze problemen te boven komen, is begin 2010 een 24/7 operation gestart.
De ontwikkeling van nieuwe zeehavens betekent commerciële mogelijkheden voor consultancy, havenapparatuur, apparatuur voor vrachtafhandeling, computerhardware en -software, beveiligingsapparatuur, ontwikkeling van de infrastructuur, verbetering en operationele ondersteuning, institutionele opbouw en capaciteitsvergroting.
Er zijn diepzeehavens nodig die schepen kunnen afhandelen met een capaciteit van minimaal 4.000 TEU. Indonesische exporteurs zouden dan hun vracht direct naar buitenlandse bestemmingen kunnen gaan verschepen. Nu moet ongeveer 75 procent van de vrachtzendingen vanuit Indonesië verscheept worden via havens in Singapore of Maleisië om daar op grotere schepen te worden overgeladen