In Indonesië verbruikt men bijna de gehele kruidnagelproductie in het land zelf, onder andere omdat kruidnagels daar in sigaretten (Kreteks) worden verwerkt. De naam Kreteks is een klanknabootsing van het knetteren van deze sigaretten wanneer ze worden aangestoken. De olie uit de kruidnagel verbrandt dan.
Kruidnagels worden veel gebruikt in koekkruiden, zoals in speculaas. Bij stoofgerechten, zoals runderlappen worden kruidnagels langdurig meegetrokken. Traditioneel worden kruidnagels ook meegekookt met rodekool en met wild. Kruidnagel vormt een bestanddeel van het kerriemengsel.
In Duitsland worden kruidnagels toegevoegd aan glühwein, in Nederland worden kruidnagels toegevoegd aan de (vergelijkbare) bisschopswijn.
De kruidnagels zelf moeten niet gegeten worden, want zelfs na lang stoven hebben ze nog een zeer sterke smaak.
Kruidnagelolie (eugenol)wordt in de tandheelkunde gebruikt als verdovend middel. Vroeger werd de kruidnagel als verdoving in een pijnlijke kies gestoken, tegenwoordig wordt zink-eugenol ook als bestanddeel tijdens een wortelkanaalbehandeling gebruikt.
Ook wordt het gebruikt om kleine ondoorzichtige organische monsters of diertjes (vlooien, andere kleine insecten) te 'klaren' (doorschijnend te maken) voor microscopie. De stof eugenol uit kruidnagelolie wordt gebruikt als uitgangsmateriaal bij de productie van vanilline. Kruidnagelolie wordt ook toegepast in parfum en kalknagelolie. Diverse kruidenbitters en likeuren ontlenen hun sterke smaak aan kruidnagels. Verschillende wierooksoorten krijgen een extra aroma met kruidnagel.
Productie
De kruidnagelboom is een fraaie boom met dicht groen loof en bloemen die in kleine trossen aan het uiteinde van de takjes hangen. De kruidnagels zijn de gedroogde, nog gesloten bloemknoppen van deze boom. In de groene bloemknoppen is al duidelijk de vorm van de toekomstige kruidnagel te herkennen. De kruidnagelboom groeit langzaam en er kan pas na zes tot acht jaar voor het eerst worden geoogst. Daarna kan de oogst tot wel honderd jaar doorgaan. De boom is 9–12 m hoog, piramidevormig en altijd groen. In de bloeitijd hangen de bomen vol met trosjes felrode bloemknoppen.
De kruidnagelboom groeit van oorsprong op de Molukken. Nog steeds (2020) wordt ongeveer twee derde van alle kruidnagels in Indonesië geoogst. Kruidnagelbomen houden van een tropisch zeeklimaat. Ook in Madagaskar, Tanzania (voornamelijk op de eilanden Zanzibar en Pemba), Sri Lanka, Maleisië en Grenada wordt kruidnagel geteeld.