Hoewel de religieuze vrijheid is vastgelegd in de Indonesische grondwet worden er slechts zes religies officieel erkend. Dat zijn de islam, het protestantisme, het katholicisme, het hindoeïsme, het boeddhisme en het confucianisme.

Hoewel het geen islamitische staat is, is Indonesië het land met de grootste moslimpopulatie in de wereld. Tijdens de telling van 2010 bleek dat 87,2% van de Indonesiërs zichzelf moslim noemden. Christenen maken 9,8% van de bevolking uit, 1,7% is hindoe en 0,8% boeddhist of iets anders.

Samenstelling van de zes officiële Indonesische Religies

De meeste Indonesische hindoes zijn Balinezen en de meeste boeddhisten zijn etnische Chinezen. Hoewel ze minderheidsreligies zijn hebben het hindoeïsme en het boeddhisme nog steeds een belangrijke invloed op de Indonesische cultuur. De  islam werd in de 13e eeuw het eerst overgenomen door de Indonesiërs uit het noorden van Sumatra, als gevolg van de invloed van handelaren en tegen de 16e eeuw werd het de belangrijkste religie. Het katholicisme werd door de Portugese kolonisators en missionarissen meegebracht, terwijl het protestantisme werd geïntroduceerd door de Nederlandse calvinistische en lutherse zending tijdens de koloniale periode. Een groot gedeelte van de Indonesiërs, zoals de Javaanse Abangan, de Balinese hindoes en de christelijke Dajaks praktiseren een minder orthodoxe syncretische vorm van hun religie, welke sterk beïnvloed is door de lokale gebruiken en geloof.De grote meerderheid van de Indonesische bevolking is Moslim. Dit betekent echter niet dat dit als een homogene groep beschouwd kan worden. Omdat de diverse regio's in Indonesië verschillende geschiedenissen hebben doorgemaakt welke gekenmerkt zijn door verschillende invloeden, heeft dit ook geresulteerd in Islamitische variëteit. Hoewel er al enige eeuwen een pan-Islamitisch proces aan de gang is, bestaat deze Islamitische diversiteit nog steeds.

De hoofddoek wordt in Indonesië door meisjes gedragen maar ze gaan daar vrijer mee om dan in de Islamitische landen van het Midden-Oosten. Men heeft zelfs een eigen variant op de hoofddoek ontwikkeld die veel minder warm is want in de tropen kan een hoofddoekje knap benauwd zijn. Verder heeft de Indonesiër veel ruimere denkbeelden dan de moslims uit de Aziatische woestijnen. Er wordt vrijwel nergens een probleem van homoseksualiteit gemaakt. Homo´s kunnen in Indonesië openlijk voor hun geaardheid uitkomen. Dit soort dingen geven aan dat de Indonesische variant van de Islam gematigd is.